Em Nova York o assassino profissional Leon (Jean Reno) não vê sentido na vida. Quando a família vizinha é morta por policiais envolvidos com drogas ele decide proteger Mathilda (Natalie Portman), uma menina de 12 anos que é a única sobrevivente da família. Ela deseja se tornar uma assassina, para poder vingar a morte do seu irmão de 4 anos. Enquanto ela cuida da casa e ensina o pistoleiro a ler e a escrever, ele lhe ensina o básico de como manejar uma arma.